欢迎进入上海云序生物科技有限公司官方网站!   生物在线    丁香通

服务热线 021-64878766

首页 > 新闻动态 > 公司新闻

泌尿外科最权威白金期刊European Urology:首次揭示Y染色体上LncRNA TTTY15促进前列腺癌细胞的增殖和迁移
日期:2018年12月27日    来源:云序生物

文章导读

前列腺癌(Prostate cancer,PCa)作为男性发病率第二的癌症,严重影响了患者生殖健康和生活质量。由于前列腺癌受多种基因调控,且目前缺乏相关机制方面的深入研究,治疗效果往往不甚理想。随着高通量技术的发展,使研究PCa相关分子标志物基因和作用机制成为可能。目前,已有报道指出许多明星LncRNA,如SChLAP1,HOTAIR,PCA3,PCAT1,NEAT1和CTBP1-AS在PCa中发挥着重要作用。那么问题来了,这些LncRNA多位于常染色体上,可PCa作为男性特有的疾病,那调控其功能的主要基因是否应该位于Y染色体上呢?

带着这个问题,本篇文章作者以寻找Y染色体上的LncRNA为切入点,通过高通量筛选技术,快速靶定到一条在PCa中高度差异表达的LncRNA,并通过大量临床样本验证,证实其在PCa患者中的确是高表达的。最后,通过分子研究手段证实此过程受miRNA-let-7,靶基因CDK6和FN1以及转录因子foxa1共同调控。


文章内容

1. LncRNA-TTTY15在前列腺癌组织中特异性高表达

此次,研究团队对全转录组测序(云序生物可提供此项服务)数据中的LncRNA部分进行深度的生信挖掘,发现位于Y染色体上的LncRNA-TTTY15在前列腺癌组织中差异高表达,实验结果再次发表于European Urology杂志。通过LncRNA定量PCR,作者在测序样本(65:65),增加临床样本(35:35)进行大样本低通量验证,挖掘TCGA数据库中其他种族前列腺癌患者测序数据,以及通过更大规模临床样本转录组测序(145:145),进一步确认了TTTY15在前列腺癌组织中高表达。同时,组织水平上原位杂交实验也证实其在癌组织中特异性表达。


2. TTTY15促进前列腺癌细胞增殖和迁移

作者一共选取了6种细胞系,通过LncRNA定量PCR检测发现TTTY15在癌细胞中高表达。接着,作者选取几种高表达的细胞株,分别通过抑制和过表达TTTY15基因,发现细胞的增殖速度和数量受到了显著的影响。而在雄性激素相关细胞系中过表达TTTY15后,发现该LncRNA对雄性激素不敏感,证明其上游因子可能并不是雄性激素受体。



3. CRISPR/Cas9抑制LncRNA TTTY15对前列腺癌细胞的促进作用

本篇文章作者通过两种CRISPR/Cas9策略敲除LncRNA TTTY15,第一种敲除了TTTY15整个片段;第二种是通过敲入转录终止子,终止TTTY15转录。无论哪种敲除的方法,在细胞水平上,其增殖和迁移都受到了抑制,并且回补实验表明,抑制作用可以被恢复。同时,作者将敲降细胞移植到小鼠体内后,移植组小鼠肿块比对照组小。总体来说,作者从细胞和动物两个维度,全面证实TTTY15对前列腺癌起到了促进作用。

4. LncRNA TTTY15通过吸附miRNA发挥海绵机制 

首先,作者通过细胞定位实验证实LncRNA TTTY15主要分布在细胞质,这预示着该LncRNA可能与海绵机制相关。接着,通过miRDB和miRanda软件的联合分析对其可能结合的miRNA进行预测。双荧光素酶报告基因实验验证发现,有5个miRNA与其结合,通过miRNA定量PCR确定miRNA let-7的表达量与LncRNA负相关。接着,作者通过mRNA定量PCR在LncRNA敲降和过表达细胞系中,验证了22个已有研究报道的且能够与let-7结合的靶基因,筛选到两个与LncRNA共表达的靶基因,分别是CDK6和FN1。在RNA,蛋白层面以及生信GSEA预测,都证实靶基因的表达量与let-7成反比。



5. FOXA1是LncRNA TTTY15上游转录因子 

通过预测,作者在LncRNA TTTY15启动子上预测到许多超敏感和表观遗传分子标志物结合位点。TCGA数据库中显示,只有FOXA1和FOXB13的表达量与LncRNA正相关。作者分别敲降这两种转录因子后,发现只有FOXA1抑制了LncRNA的表达,并且FOXA1在前列腺癌组织中也是高表达的。最终,作者通过ChIP测序(云序生物可提供此项服务)证实两者是直接结合的关系。



总结

值得一提的是,云序生物十分有幸地参与了本次文章中130例前列腺癌患者癌症和癌旁组织的全转录组数据挖掘工作,为LncRNA TTTY15的发现提供了基础工作。

回顾本篇文章思路:首先通过全转录组测序数据,筛选到一条在前列腺癌组织中表达量最高且位于Y染色体上的LncRNA TTTY15,然后结合生信预测、定量PCR、双荧光素酶报告基因和ChIP测序等实验,作者证实LncRNA TTTY15通过海绵作用吸附let-7,促进靶基因CDK6和FN1的表达,从而促进了前列腺癌的发展。

全文链接:

https://www.europeanurology.com/article/S0302-2838(17)30720-0/fulltext

封面图片引自:

https://www.drugtargetreview.com/news/31614/leukaemia-y-chromosome-gene/

云序相关产品推荐:
全转录组测序

环状RNA测序

LncRNA测序

ChIP测序

RNA pull down

RIP测序

环状RNA定量PCR

LncRNA定量PCR

miRNA定量PCR

mRNA定量PCR


往期回顾:

多组学联合分析揭示前列腺癌新遗传改变
Nature子刊 | circRNA_104075海绵吸附靶向抑制YAP表达的miR-582-3p从而促进肝癌的发生和进展

Nature | SMAD2/3与TGF-β通路协同影响转录因子发生m6A RNA甲基化调控干细胞发育

Nat. commun|Mettl3介导的m6A RNA甲基化调控骨髓间充质干细胞和骨质疏松症

Nature|m6A RNA甲基化识别蛋白YTHDF1参与记忆的形成

不得了,大牛告诉你lncRNA甲基化如何研究

RNA甲基化进入超微量时代

10分以上m6A RNA甲基化测序文章--云序生物助力

20分文章中的RNA甲基化,热度与实力并存

云序生物最新m6A“RNA甲基化”研究汇总—非编码RNA篇

云序生物最新“RNA 甲基化”研究汇总-拟南芥篇

云序生物最新m6A“RNA甲基化”研究汇总—病毒篇

Plant Cell:拟南芥发现全新m6A RNA去甲基化修饰酶

云序客户12分顶级文章,教你如何巧用RIP测序玩转分子机制!

2018年Nature杂志重磅级突破性研究成果--m5C RNA甲基化 云序生物

Nature突破性研究—RNA甲基化新修饰m1A 云序生物

Nature重磅:m6A RNA甲基化参与造血干细胞发育关键环节!

Cancer Cell: 何川教授在发现m6A RNA甲基化重要功能

小白必看!RNA甲基化整体水平鉴定的方法汇总

Hepatology:m6A RNA甲基化酶METTL3促肝癌发展新玄机

云序生物独家m5C RNA甲基化测序

Nature文章揭示RNA甲基化多重功能

填补表观遗传修饰空白:RNA甲基化调控基因出核新机制


上海云序生物科技有限公司
Shanghai Cloud-seq Biotech Co., Ltd.
地址:上海市松江区莘砖公路518号20号楼3楼
电话:021-64878766
传真:021-64878766
网址:
www.cloud-seq.com.cn
邮箱:market@cloud-seq.com.cn 

DIfYmY56suaK2oVA6eea54g+oI4b0q944OBNIdkpjVRWPkBwznGp84FaRie+1ZcAJHyDicb4f5esbC8EfN5zApW7lchXs53FDG3naElOOQhnGd0A8++mwv612/XkxIZD